發(fā)酵中藥是將天然藥物（中藥）提取液以?xún)?yōu)選的腸道益生菌菌群中一種或幾種、一株或幾株益生菌作為菌種，利用微生態(tài)學(xué)、仿生學(xué)的方法，通過(guò)生物嫁接的方式，在體外模擬人體的腸道環(huán)境和中藥成分在人體內(nèi)的消化分解過(guò)程，對(duì)提取的中藥有效成分進(jìn)行生物學(xué)轉(zhuǎn)化，將中藥的大分子物質(zhì)，經(jīng)過(guò)微生物轉(zhuǎn)化成為能夠被人體腸道直接吸收的小分子成分，使中藥成為快速吸收、定量療效的新型藥物。

   在傳統(tǒng)的中藥中的中藥炮制就利用了天然微生物中藥發(fā)酵以提高中藥藥效醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集整理、消除中藥毒副作用、改變中藥藥性。例如：六神曲、淡豆豉、半夏曲等傳統(tǒng)中藥均由天然微生物發(fā)酵而成。傳統(tǒng)的發(fā)酵中藥采用天然微生物發(fā)酵，菌種不純，代謝理論、藥效成分理念模糊不清，可控性差。