益生菌發酵飼料的制作工藝包括以下步驟：

材料準備：選擇適合的飼料原料，如玉米麩、大豆麩、魚粉等，根據需要添加合適的維生素、礦物質等。

原料處理：將原料進行破碎、混合和細磨，以增加菌種附著面積，便于菌種的吸附和生長。

菌種制備：選擇合適的益生菌菌種，如乳酸菌、酵母菌等，進行菌種培養。

發酵培養：將菌種與飼料原料進行混合，控制適宜的溫度、濕度和pH值，進行發酵培養。通常采用靜態培養或液態發酵的方式。

發酵時間控制：根據具體菌種和發酵條件，控制發酵時間，通常為24小時至72小時。

發酵完成：發酵完成后，飼料會有酸味和特殊氣味，這是菌種代謝產物的結果。

干燥處理：將發酵后的飼料進行烘干處理，保持其營養成分和質量穩定。

包裝儲存：將干燥后的飼料進行包裝和儲存，防止潮濕和變質。

以上是益生菌發酵飼料的制作工藝的一般步驟，具體的工藝流程和參數會因不同的益生菌菌種和飼料原料而有所差異。